Нету этого правила и не было никогда.
В шенгенском кодексе написано четко: виза выдаётся той страны, которая является страной основного пребывания заявителя. В случае, если такую страну определить в момент запроса нельзя, небходимо запрашивать визу в консульстве той страны, которая будет первой на пути следования. Это фундаментальные правила шс.
Я допускаю, что жену могли завернуть на границе, тем более в 2003 году. Но, на 100% не из-за этого. Скорее всего, жена ехала в Германию и на вопрос иммиграционного офицера на границе "Ваша цель визита в Австрию?" Ответила все что угодно, кроме транзита в Германию
.
В данный момент этот рудимент вообще исключен из шенгенского кодекса.
Кстати, ваша жена может обратится в посольство любой страны шс, для аннулирования записи в SIS.
Отказ никогда не висит в базе. В базе может висеть запрет на въезд в страны шс за нарушения. Сейчас в SIS можно попасть уж за совсем серьёзные нарушения, как то подделка документов, преступление на территории шс. В остальных случаях - просто аннулируют визу.