У меня именно в эти часы супруга едет из Литвы в РФ через Калининград.
Правовая сторона очень проста: литовцам выпустить из страны - нет проблем, российская сторона впустит при наличии оснований.
Ваш вопрос тот же самый, только зеркальный. И поскольку я наблюдал всю эту организационную канитель, то могу сказать: всё сводится к тому, есть ли у вас основания въехать в ЕС? Просто визы сейчас недостаточно. А что достаточно - необходимо официально запросить у "компетентных" органов Латвии, Эстонии - где будете въезжать, и Литвы - по которой неизбежно будете ехать. Как пример, вида на жительство наверняка хватило бы, но его наверняка нет.
Дальше - предположительно, - необходимо то же, что и для въезда в РФ: уход за нуждающимися в уходе родственниками (причем, только прямыми), лечение (вызов от лечащей организации) и подобное. Наверняка затребуют тест на вирус не старше 3-х дней. И очень может быть вчинят 2 недели карантина, так как вы въедете ииз страны с высоким уровнем заболеваемости - это отдельно надо прояснять.
Самое же главное, всё, что скажу здесь я (или другой обыватель), будет не более, чем бла-бла-бла, и поскольку дело конкретное, вам дорога именно в посольства... Но, мой прогноз: там вам сейчас скажут такое, что вы не захотите заморачиваться. )